Navaleno se encuenta situado en el Noroeste de la Provincia de Soria. Enclavado en la «mancha verde» más extensa de la península, en el Km. 397 de la N-234 (carretera Sagunto-Burgos), a 45 Km. de Soria y 95 Km. de Burgos.
En la demarcación de Pinares, en el noroeste soriano, Navaleno se halla a una altura de 1.105 metros sobre el nivel del mar, subiendo hasta los 1.300 metros en su cota más alta. Su término municipal, que abarca una superficie de 2.521 hectáreas, linda con Canicosa de la Sierra, (Burgos) al norte; al este con Pinar Grande; al sur con Casarejos y Vadillo, y al oeste con Casarejos.
Su situación se enclava en una zona de transición entre los relieves abruptos de las sierras del noroeste del Sistema Ibérico como son Neila, Urbión y Cebollera, y las llanuras centrales del Duero.
Geológicamente, el suelo se concreta a base de materiales de sedimentación continental de transición, correspondiente al período cretácico, con orfilitas dentríticas y cuarcitas.
La población se halla en un único núcleo urbano, con una extensión de unas 40 hectáreas.
Es de tipo continental: inviernos fríos y veranos suaves. Las temperaturas anuales oscilan entre los 8 y 9 grados centígrados, siendo las medias del mes más frío no superiores a los 2 grados y las del mes más cálido entre los 17 y los 19 grados.
En cuanto a las precipitaciones, oscilan entre los 600 y los 800 mm, repartidas entre los períodos de octubre a mayo y de junio a septiembre. El mes de agosto suele ser el más seco.
El pino es la especie arbórea más extendida y común en Navaleno. Las grandes superficies de pinar albergan caza mayor en abundancia y es frecuente sorprender a ciervos y corzos en estos espacios. De hecho, su término municipal se halla incluido en la Reserva Nacional de Caza de Urbión.